烏山頭水庫旁甫於1997年出土的「灰黑陶遺址」，是台南縣重要的文化遺產。雖在1923年即有日本人佐山融吉報導過，但直到四分之三個世紀後，才有台灣研究人類學者率考古人員在此進行有系統的挖掘。出土的文物包括人骨及獸骨，研判距今有2500年至3000年之久，是台南縣一處相當珍貴的史前遺址。


園區共發現有15處烏山頭時期遺址，為園區各文化期中遺址數量最多者。但遺址的面積，除三寶埤遺址達10公頃左右外，其它規模皆不大，約在 5公頃以下。石器數量較前期劇減，最具特色的石器是以砂岩精磨而成的巴圖型匙形石斧。陶器有容器、紡輪和網墜等，主要為灰黑質地，但陶環則以泥質紅陶為主。墓葬方面，仍然使用陶甕埋葬嬰兒；深度極深，多達70cm左右，部份見有棺木痕跡；墓葬少見裝飾物品的陪葬品，反而普遍在部分墓穴上方，放置可能用來盛裝食物的陶容器，部分墓葬陪葬與性別分工相關的工具，如在石頭埔遺址，男性墓葬以網墜陪葬；而在三抱竹遺部分之女性墓中則陪葬紡輪。三抱竹、五間厝南遺址尚出土無頭墓葬，反映了馘首行為。也見成年拔牙之風俗。（資料來源參考：台東縣國立台灣史前文化博物館、南瀛好所在）