菜寮化石館於1981創立，菜寮化石館所展示的化石，種類繁多，數量豐富，內容包含與山頂洞人同時期的「左鎮人」化石，海生及陸生動物的化石，對研究海陸生物的演化，及古地理環境的變遷，非常有研究價值，為自然科學教育最佳的教材。左鎮鄉菜寮流域地層構造特殊，散佈大量古生物化石，且蘊藏豐富，種類繁多。

陸續挖掘出許多化石，對海陸生物演化及台灣地質形成和地理變遷，提供珍貴的資料，其重要性為國內外肯定，使菜寮溪地區成為世界聞名的化石重鎮。