安平舊港口海岸，皆是砂質形成地，大雨時洪水由上流帶土砂流下，受台灣海峽風浪抵滯，沈積而為細長沙洲，距離現在海事學校二公里的海外，形成左右沙洲，南至臺南市下鯤鯓，北連新豐郡安順庄(現安南區)，雖成港灣，因四季風浪洪水變化異常，兩處通水處(即舊安平港口)隔水闊約西百公尺，而港口全為淺者沙洲，常起波浪。

其間雖有水道，但潮汐時最淺處只不過一公尺左右，且時起變化，風浪後水路位置全變，原有舊港口直線向東通至臺南市舊運河，受土砂之堆積，於滿潮時小舟難行，最後成為臺南市排水溝。 舊運河之咽喉鹽水溪下流至港口間每受洪水流砂堆積，阻塞舟路，運河之價值大失。乃從事港口改良，民國十一年(西元1922年)新運河開鑿，籌建新港口，至民國十三年竣工。在改良工事時，因為工程關係，改築堤防阻塞水道，使其與鹽水溪斷緣，但又遭洪水危害，至麻黃林一帶，被鹽水溪之流砂埋沒，淤積為浮陸，因此舊港已不成港口，終不適船舶之出入。 安平港價值已完全喪失，民國二十年（西元1931年），擬於舊港南方一公里，切割鯤鯓半島連接新運河，開築安平新港，民國二十四年十月開工，經二年五個月，於民國二十七年三月竣工。

雖然規模不大，但是比舊港口的水深，低潮時水深三公尺，新港幅員一百公尺，臺南、澎湖間航行的貨客機帆船及船舶，在干潮時可自由出入。港口南北岸興建有水路護岸，岸端為長160公尺導流堤二條，南北導流堤前端設標識燈。 從此新港取代舊港，暫時恢復安平港原有威勢，但是位於新港北端的鹽水溪河沙淤塞與河床變動，成為安平港及安平繁榮之致命禍源。每當雨季洪水氾濫，大量淤砂挾至下游，河口填成一片浮陸，至民國三十六年，河道南侵二十餘公尺，幾將安平切成兩斷，新港口與運河淤成淺溝，不但大型船舶無法入港，小型漁舟也只能於漲潮時進出，安平由國內外港貨吞吐之盛市變成蕭條冷落之小村，安平港也由船舶雲集之海港變成小型漁舟出入之淺水道，自此安平港與安平盛勢一蹶不振。

安平港係為臺南市唯一吞吐港，港市興衰關係臺南市繁榮，民國三十八年，由高雄港務局負貴派船挖泥浚深，但是效果不佳。僅能維持五十噸以下船舶出入，外海泥砂淤塞越來越嚴重，長久以後將成廢港，整建安平港乃今日繁榮臺南市急待進行之工作。

安平地形演變 臺南附近海岸，由荷蘭據臺時期起，經鄭成功至清道光二年約二百年之期間，安平是和臺灣本島不相連接的小島，安平與臺南海岸之間海面，當時稱為臺江灣，古代大型艦船均能進出，水深約在五∼六公尺左右。

安平為一連串沙洲之一，原名一鯤鯓，安平以南至現在之二仁溪口附近，另有六個沙洲，七個沙洲各稱為一鯤鯓至七鯤鯓，安平以北隔一水道，與北線尾沙洲相望，此水道為進入臺江灣之要道，荷蘭人建築熱蘭遮城（安平古堡）扼守。北線尾之北，隔鹿耳門與隙行港沙洲相望，亦為進入臺江灣要口。