水仙宮創建於康熙四十二年（西元1703年），位於當時府治的西定坊港口，即為昔日五條港地區的南勢港口尾端，是府城水陸交通必經之地。自康熙五十七年戊戌(西元1718年)第一次改建後，迭經增修。乾隆二十七年癸未(西元1783年)北郊紳商再集資重修，並設郊商辦事處於此，遂使水仙宮成為當時府城的商業中心，香火也更旺盛。

到民國三十年，日本人施行市區改正計畫，將廟宇中、後二殿拆除，光復後，信眾合力重建而成今貌。 目前，水仙宮是一座單殿單進的建築形式，坐東朝西，開三門，門上不繪門神而改用門釘，橋下培仍留存著早年建築的石料，斑駁芭意，令人激賞。

歷來修建多次，部分精美的雕刻木作保留於國立成奶j學歷史系文物館中。建築特色→屬閩式平房，初建為三進大殿，二次大戰時，日軍為建防空地，拆除水仙宮的後、中兩殿，台灣光復後，目前只剩一進，重建成今貌，雖然古意盡失，但其歷史價值仍存。

【石碑】廟內壁間的石碑有三塊，年代最古的是乾隆30年（1765年），臺灣府知府蔣允焄立石的水仙宮清界勒石記，最近的有民國六年（大正六年）廟董立石的重修水仙宮碑記，另有一塊是與水仙宮沒有關聯的石碑，是福建分巡臺澎兵備道，為嚴禁海口舞弊勒索以安商艘事，嘉慶元年四月二十八日發水仙宮張掛曉諭的碑記。門前一對抱鼓石、基座及石礎的雕工非常精美，木刻神像、雀替精美。由於大禹為開國君王，所以大門不繪門神，改採門釘形式。