台灣割日後，清代開闢的舊運河日漸淤淺，日本人於民國十一年開始在頭鯤 、二鯤 之間挖運河，當時海關尚在安平：後來原供停泊海船的鹽水溪口亦漸淤淺，大船無法進入安平舊港，日本人在約民國二十四年開闢安平港，民國廿八年起，船隻開始由安平進港直駛至現今中國城停泊，海關亦隨之遷到現今民生路、環河街口的運河轉角處。
　　
台灣光復後，這座運河邊的海關變成財政部高雄關，專司檢查進港船隻。 舊運河時代，五條港的貨物都在安海港尾的安平第一橋附近，以由馬車運載上下船進出口，新運河開闢後，才改在海關附近運載貨物，而當時的馬車寮大多集中在鎮渡頭及海安宮附近，它的存在讓五條港區的商業又延長了數十年之久，海關牆外現仍留有一座「財政部高雄關界碑」。
　　
這棟舊海關至少已有六、七十年的歷史，是目前西區保持相當完整的日據時代建築。早年運河船貨皆由此上岸，再以人力車、馬車運到五條港區，日本人開闢中正路亦係利用運河與根基已固的台灣商人爭商機。 現為財政部高雄關稅局台南支關安平辦公室