普濟殿創建於明永曆年間，原為佛教寺廟，主祀觀音菩薩，人稱「普濟寺」。普濟殿因位於城外，而兼有「會館」性質，經常供錯過進城時間的商旅人士借住一宿。傳聞曾有一同安人借宿，隨身攜帶的池府王爺神像因故留祀寺內，沒想到香火日盛，竟逐漸成為寺廟主神，使「普濟寺」改稱為「普濟廟」。又，據聞寧靖王朱術桂經常遊憩普濟廟，故賜予「普濟殿」之名。

康熙二十五年（1686年），普濟殿初次重建落成，方向由坐南朝北改為坐北朝南；乾隆十一年（1746年），石文耀等人曾發起重修；嘉慶二十二年（1817年），石克纘等人再度發起重修，當時住持僧邇蓮禪師，出錢購得普濟殿右側土地加蓋偏殿，奠定一本殿一偏殿的基本規模。此後經歷數次重修，卻於日治時代末期，遭盟軍轟炸，廟前拜亭毀損；民國三十四年，再次發起重修；民國六十三年，又再度重修，始成今貌。（節錄自《王城氣度》第廿二期）