媽祖樓天后宮座落之處為今成功路與海安路西南側，此地原為清代台灣軍工道廠之出口河道，名為「哨船港」，亦是台灣府城西定坊外五條港北方河道，廟址原是一供水手休息之工寮，相傳先民自大陸移居斯地時，由湄州攜媽祖香火來到本地，將香火安放在工寮閣樓上，未幾其人離去而把香火遺下，其後里民及往來五條港之船隻於常夜間看見香火發出毫光，引導船隻平安航行，眾皆驚異非常，紛謂乃媽祖靈威顯象之故。

遂於乾隆二十年（西元一七五五年）糾眾集資建廟，因媽祖香火安奉閣樓上，故而命名為「媽祖樓」，創建者不詳，今廟貌古意盎然，正殿之銅鑄龍柱與後殿礦石龍柱皆為工藝瑰寶。（節錄自台南生活美學館）